Roger van Boxtel is sinds juli 2015 lid van de raad van commissarissen van APG Groep N.V. Hij is sinds 2015 ook president-directeur van de NS. Daarvoor was Roger van Boxtel voorzitter van de Raad van Bestuur van zorgverzekeraar Menzis en fractievoorzitter voor D66 in de Eerste Kamer.
Daarnaast heeft hij diverse onbetaalde nevenfuncties. Hij is onder andere voorzitter raad van toezicht van Museum de Fundatie, lid Raad van Advies ECP, lid van de algemene ledenvergadering Ajax, lid dagelijks bestuur VNO-NCW, voorzitter van de JC Bloem Prijs, voorzitter Amsterdam Sinfonietta, lid management committee of European Railway and Infrastructure Companies (CER) en voorzitter van de klankbordgroep werkgroep Werk aan Uitvoering voor MR.